Pod koniec XVIII w. klasztory kontemplacyjne w zaborze austryjackim przeżywały kryzys. Klasztor w Czernej zmienił swój charakter. Wielka klauzura została zniesiona, a kościół udostępniono wiernym. W 1880 r. przy pomocy personalnej prowincji austriackiej dokonano reformy życia zakonnego.

Na skutek rozbiorów Polska utra­ciła niepodległość. Życie religijne uległo zahamowaniu z po­wodu prześladowania Kościoła. Zakony kontemplacyjne zo­stały zniesione, gdyż oceniano je jako nieużyteczne. Naj­większe nasilenie prześladowań Kościoła i ograniczenie wol­ności religijnej pod zaborem austriackim miało miejsce za ce­sarza Józefa II. Zakony oddano pod jurysdykcję biskupów i konsystorzy. Na mocy tego zarządzenia, w czerwcu 1783 r. przybył do pustelni ks. Stanisław Ptaszyński, delegat bisku­pa, jako wizytator generalny, celem przeprowadzenia wizyta­cji apostolskiej konwentu. Zachwycony był świę­tością życia zakonników, zaznaczając w dekrecie „Iż nic na tym nie znalazłem miejscu, co bym nie tylko nagany ale po­prawy godnego osądził..." Erem spełniał szczytne zadanie pustelni przez 172 lata. Był on oazą życia duchowego całej prowincji polskiej i litewskiej. Wiele sławnych postaci prze­sunęło się przez cele pustelnicze, aby na samotności z Bo­giem zaczerpnąć sił do niesienia światła wiary rzeszom ludzi.

Drakońskie rozporządzenie cesarza austriackiego przekre­ślające istnienie zakonów kontemplacyjnych, drobiazgowe przepisy godzące w ustrój życia zakonnego, zakaz kontaku z wyższymi przełożonymi, spowodowały upadek życia zakon­nego. Dla ratowania swej egzystencji klasztory kontempla­cyjne zaczęły przerzucać się na działalność duszpasterską. Do upadku życia zakonnego dołączyły się również przyczyny na­tury polityczno-ekonomicznej. Wysiłek narodu zmierzający do organizacji życia społeczno-kulturalnego, uwieńczony sukcesem Konstytucji 3 Maja, został nagle przekreślony przez konfederację targowicką, wojnę z Rosją, a w końcu przez drugi i trzeci rozbiór Polski. Istniejące dotychczas kla­sztory żyły pod ustawiczną grozą kasaty, co destruktywnie wpływało na poziom życia zakonnego. Wykonywanie władzy przez przełożonych było utrudnione. Do nowicjatu można było przyjmować za pozwoleniem konsystorza i dopiero po ukończeniu 24 lat życia. Przyczyny te skłoniły o. Adriana od św. Teresy (Ignacy Czechowicz), generała zakonu, Polaka, do wyjednania u papieża Piusa VI dla prowincji polskiej i li­tewskiej dyspensy od niektórych przepisów reguły na okres 3 lat. Dyspensa ta uzyskana 9 stycznia 1792 r. obejmowała następujące złagodzenia:

1. Dozwolono trzy razy w tygodniu spożywać mięso.
2. Ograniczono rozmyślanie ranne i wieczorne do pół go­dziny, aby zakonnicy mogli się przygotować do wypełniania obowiązków publicznych, które w tych czasach na nich nakła­dano.
3. W eremie czerneńskim ma być wprowadzony porządek dnia na sposób domów nowicjackich, z zachowaniem milcze­nia i klauzury.
4. Z powodu małej liczby zakonników, dyspensowano od nocnego wstawania na matutinum i laudes.

Po upływie trzech lat, w 1795 r. prolongowano dyspensę na 10 lat. Ten sposób życia o złagodzonej regule pozostał aż do zniesienia prowincji polskiej w 1864 r. Nowe pokolenia wycho­wane zostały już w tym duchu. Z braku źródeł trudno udoku­mentować, czy złagodzenie reguły wprowadzono do eremu od razu. W 1797 r., po kasacie klasztoru ŚŚ. Michała i Józefa w Krakowie, część zgromadzenia świętomichalskiego prze­prowadziła się do eremu, przywożąc część biblioteki. Od tego czasu zaprzestano ćwiczeń eremickich. W myśl rozporządzeń cesarskich erem nie miał już prawa istnienia. Powoli dostoso­wywał styl życia do pozostałych konwentów. Wielka klauzura papieska została zniesiona w 1805 r. Aktem nr 569 z dnia 13 lipca 1805 r. konsystorz biskupi pozwolił dopuścić wiernych obojga płci do uczestnictwa w nabożeństwach w kościele, do­tychczas zarezerwowanym wyłącznie dla pustelników.

W tym czasie w klasztorze przebywało 10 zakonników. Ostateczna klęska Napoleona sprowadziła na Polskę nowe nieszczęścia. Przejście potężnych armii przez kraj pociągnęło za sobą wielkie zniszczenie. Klasztor czerneński w 1814 r. sta­nął w obliczu katastrofy gospodarczej, a co za tym idzie, upadku duchowego. Rekwizycje i kontrybucje wojskowe do­prowadziły do tego, że - jak zaznacza przełożony o. Kandyd od św. Władysława (Piotrowski) - „nie pozostało ani źdźbła słomy, ani ziarna, czy to pożywienia, czy to zasiewu". Woj­sko zabrało bydło, konie, wozy. Z 24 kmieci pozostało 4, których klasztor musiał żywić i zaopatrywać. Nie naprawiane kaplice i eremitoria rozpadały się. Sam kościół chylił się ku ruinie. W 1817 r. bp krakowski Jan Woronicz w liście do o. Kandyda proponuje sprzedaż marmurowego ołtarza ze
zrujnowanej kaplicy hrabinie Krasińskiej do Warszawy. Uzy­skane stąd pieniądze proponuje obrócić na remont klasztoru, ponieważ zakonnicy, w liczbie ośmiu - pozbawieni należyte­go okrycia i utrzymania - są niezadowoleni.

Dokonany w 1817 r. za poparciem biskupa krakowskiego wybór na przeora o. Telesfora od św. Michała (Józef Sołty­sik), zapobiegł całkowitej ruinie klasztoru. Po upływie trzech lat biskup zwrócił się do definitorium prowincjalnego, znów protegując o. Telesfora na przeora w następnym trzechleciu, równocześnie relacjonując, że swoją gorliwością i zapobiegli­wością przeor ten przywrócił dyscyplinę klasztorną, dokonał koniecznych napraw domu, zapewnił zakonnikom stosowne utrzymanie. Roztropny przeor rządził klasztorem przez 34 lata (1817-1851). Po jego śmierci następny przełożony, o. Alojzy od św. Kazimierza (Kluger), szedł po linii wytyczo­nej przez swego poprzednika.

W tych czasach przeor klasztoru był praktycznie najwyższą władzą zakonną dla zakonników w Czernej, ponieważ kon­takt z generałem i prowincjałem był niemożliwy. Od 1795 do 1857 r. nie przybył do Czernej żaden wizytator generalny.

Za czasów rządów o. Alojzego mamy dość wyraźny obraz życia zakonnego, nakreślony przez samego przeora, przesła­ny generałowi do Rzymu z datą 4 lutego 1858 roku. Porządek dnia był zbliżony do eremickiego. Zakonnicy w dalszym cią­gu korzystali z dyspensy uzyskanej przez o. Adriana w 1792 r. Porządek dnia przedstawiał się następująco: O godz. 5 wstawanie. Do godz. 6 modlitwa myślna, następnie litania do św. Józefa, pryma i tercja. O godz. 8 msza konwen­tualna, po niej inne msze prywatne do godz. 10. O godz. 11seksta i nona, rachunek sumienia i obiad. Po obiedzie wspól­na rekreacja. O godz. 14 nieszpory, a o godz. 17 kompleta, matutinum i laudesy następnego dnia. Kolacja o godz. 18. O godz. 20 rozmyślanie, rachunek sumienia i modlitwy wie­czorne. Postu ścisłego przestrzegano przez cały Wielki Post, adwent oraz w każdą środę, piątek i sobotę. Poza tym można było spożywać potrawy mięsne. Od komplety do prymy za­chowywano ścisłe milczenie. Przeor klasztoru miał prawo przyjmować kandydatów do nowicjatu, a po trzech latach przyjmować składane przez nich śluby. Ojcowie zatrudnieni byli w duszpasterstwie w okolicznych parafich: o. Julian od Trójcy Św. (Antoni Kozubski) w Trzebini, o. Benedykt od św. Brokarda (Wojciech Parszywka) w Nowej Górze i Mora­wicy, o. Wiktoryn od Opieki św. Józefa (Aleksander Jawor­ski) w Krzeszowicach.

Pod koniec rządów o. Alojzego zaznaczył się już upadek ducha zakonnego w klasztorze. Szczególnie jaskrawo uwido­cznił się on w chwili śmierci przeora klasztoru (5 września 1860). Definitorium prowincjalne zebrane w Warszawie wy­znaczyło wtedy dla Czernej nowego przeora, który jednak nie mógł objąć urzędu. Kapituła klasztorna, za zgodą prowi­ncjała, wybrała na przeora spośród siebie o. Juliana od Św. Trójcy (Antoni Kozubski).

W wyniku reformatorskiej działalności kard. Fryderyka Schwarzenberga, arcybiskupa Pragi, mającego na celu zapro­wadzenie karności i odrodzenie duchowe życia kleru zakon­nego i diecezjalnego, przeprowadzona została w 1861 r. gene­ralna wizytacja klasztoru ze strony zakonu.

Ówczesny stan klasztoru, aczkolwiek z dużą przesadą i nie­znajomością życia pod zaborami w Polsce, ilustruje nam rela­cja o. Grzegorza od św. Teresy, wizytatora generalnego, w li­ście (pisanym w Czernej 16 grudnia 1861 r.) do definitorium generalnego w Rzymie. O. Grzegorz rozpoczął wizytację kon­wentu 12 grudnia. Po kilku dniach skonstatował, że wizytacja kanoniczna nie ma sensu, ponieważ jego władza jest za szczu­pła, aby klasztor doprowadzić do porządku. Całą sprawę ży­cia zakonników w Czernej przedstwia do rozstrzygnięcia defi­nitorium generalnemu w Rzymie. Wizytator donosi, że ko­nwent prowadzi swoisty styl życia. Z powodu trudnych wa­runków politycznych prowincjał nie przeprowadza tu wizyta­cji, a kontakt z Rzymem nie jest możliwy. Rozporządzenia apostolskie i zakonne są tutaj w ogóle nieznane. Zakonnicy czytają, jako ostatnie, rozporządzenia apostolskie z 1694 r., zaś uchwały kapituł generalnych z 1702 r. Prowincja posiada dwa nowicjaty: jeden w Warszawie - w „Polsce ruskiej", dru­gi w Czernej - w „Polsce austriackiej". Czy te nowicjaty są ważnie erygowane, wizytator nie stwierdził. O. Julian od Św. Trójcy w 1843 r. opuścił zakon i sekularyzował się. Po śmier­ci o. Alojzego od św. Kazimierza powrócił do klasztoru i tu­taj został obrany przeorem. Według rozporządzeń kapituły generalnej z 1853 r. (nr 13), nie należy już do tego zakonu, ale jest kapłanem świeckim. Zatem ksiądz diecezjalny piastu­je urząd przeora. O. Cyryl od św. Wojciecha (Władysław Gawroński) również nieważnie pełni urząd magistra nowicja­tu, a to z powodu braku dyspensy od lat, albowiem rok temu otrzymał święcenia kapłańskie. Skutkiem tego nowicjusze są nieważnie przyjęci. Nie wiadomo też czy profesje poprzed­nich nowicjuszy są ważne. Nowicjusze po 9 miesiącach do obłóczyn nie zostali jeszcze ani razu przedstawieni kapitule do aprobaty. Spowiednikiem sióstr karmelitanek na Wesołej w Krakowie jest o. Romeusz od św. Alojzego (Karol Bro­żek), rok po święceniach kapłańskich. Urząd ten pełni bez dyspensy i pozwolenia biskupa. Odnośnie do zarządu domo­wego wizytator konstatuje całkowite zaniedbanie. Przeor pe­łni również obowiązki prokuratora. Rezyduje na folwarku w Siedlcu, a do klasztoru przyjeżdża tylko na większe uroczy­stości. Wszystko czyni z własnej inicjatywy, bez porady dyskretów, których nie ma, i bez wiedzy kapituły. Kapituł konwenckich nie odprawia. Dochody roczne w wysokości 46 000 zł wystarczają tylko na 8 miesięcy. Zakonnicy nie mają wy­starczającego ubrania ani wyżywienia. Stąd rodzi się wśród nich niezadowolenie. Życie wspólne nie jest pielęgnowane. Co miesiąc każdy otrzymuje pieniądze na swoje utrzymanie. Eremicki porządek dnia już dawno nie istnieje. Nawet regu­lamin dnia przewidziany dla innych konwentów nie jest za­chowany. Matutinum i laudes odmawia się tu o godz. 15, a w lecie o godz. 16. Dyscypliny w ogóle nie ma, a medytacja jest odprawiana bardzo rzadko; natomiast wyjścia z klasztoru bardzo częste.

Po przedstawieniu stanu sytuacji klasztoru w Czernej, wi­zytator prosi definitorium generalne o uzyskanie odpowied­nich dyspens i sankcji oraz zdjęcie cenzur kościelnych. Jako jedyny warunek i sposób uratowania klasztoru przed likwida­cją lub całkowitą ruiną, o. Grzegorz proponuje przyłączenie go do wikariatu austriackiego. Na koniec wizytator na mocy swojej władzy pozostawił dla klasztoru odpowiednie rozpo­rządzenia do zachowania, dopóki definitorium generalne co innego nie nakaże.

Efektem wizytacji kanonicznej była stopniowa reforma klasztoru czerneńskiego. O. Elizeusz od Niepokalanego Po­częcia NMP, generał zakonu, zwrócił się do Stolicy Apostol­skiej o pozwolenie na przyłączenie konwentu czernińskiego do prowincji austriackiej. Papież Pius IX, przez dekret Kon­gregacji Biskupów z dnia 30 stycznia 1863 r. (nr 18483), przy­chylił się do prośby. Faktycznego przyłączenia klasztoru czerneńskiego do semiprowincji austriackiej na mocy tego dekre­tu dokonało dopiero definitorium generalne w Rzymie dnia 15 listopada 1875 r. Równocześnie wybrano nowy zarząd kla­sztoru. Przeorem został o. Józef od św. Gabriela (Jan Kanty Tyrka). W ciągu swego urzędowania w znacznej części przy­wrócił klasztorną dyscyplinę. Ponieważ konwent liczył tylko 9 zakonników (łącznie z klerykami), nie można było tu przy­wrócić pełnej obserwy zakonnej. O. Józef usilnie zabiegał o przysłanie do Czernej ojców i braci z innych prowincji. W latach 1879-1880 zgromadzenie liczyło zaledwie 5 człon­ków. Z tego powodu klasztor z przeoratu zmieniono na wikariat. Liczne zajęcia, zwłaszcza administracja wielkim mająt­kiem, pochłaniały wiele czasu do tego stopnia, że zaniedbano nawet wspólnego odmawiania oficjum w chórze.

O. Józef zdawał sobie sprawę, że klasztorowi grozi wymar­cie, kasata albo oddanie innemu zakonowi. Aby uratować ostatnią placówkę Karmelu w Polsce, zwrócił się ponownie o pomoc do przełożonego generalnego, prosząc o przysłanie nowych sił do odbudowy życia zakonnego. O. Łukasz od św. Jana od Krzyża, generał zakonu, przychylił się do jego proś­by, popartej przez karmelitanki bose z Łobzowa w Krakowie, wysyłając do Czernej 8 ojców i 2 braci. Dnia 7 maja 1880 r. przybyli br. Awertan od św. Józefa (Schintler), kucharz i br. Tomasz od Dzieciątka Jezus (Wagner), ekonom. A dwa tygo­dnie później 21 maja przybyli z Wiednia o. Brokard od św. Eliasza (Kasper Losert), o. Fulgencjusz od Najśw. Maryi Panny (Zalduegum), Hiszpan i o. Jan Chrzciciel od Najśw. Serca Jezusa (Bouchaud), Francuz. Dnia następnego rozpo­częto akty wspólnego życia, od dawna nie przestrzegane z po­wodu małej liczby zakonników. Dnia 24 maja przyjechał do konwentu czerneńskiego nowy przeor o. Bertold od św. Ja­kuba (Mauritius Schormann), a zarazem wikariusz prowincjalny. Urząd swój objął 1 czerwca wraz z o. Brokardem od św. Eliasza, magistrem nowicjatu. Na stałe przybyli też do Czernej: o. Andrzej od św. Romualda (Karl Gatzweiler), o. Adrian od św. Józefa (Dubourdier), Francuz, o. Bartłomiej od św. Teresy (Diaz de Cerio), Hiszpan i o. Franciszek Ksa­wery od Najśw. Serc Jezusa i Maryi (August Drescher), Po­lak. W wigilię uroczystości św. Teresy z 14 na 15 października 1880, o północy po raz pierwszy po 85 latach przerwy za­dzwoniły dzwony z wieży klasztornej zwołujące zakonników na modlitwę. Echo ich rozlegało się i odbijało od skał, niosąc w stronę Paczółtowic i Krzeszowic wieść o odnowie życia kla­sztornego. Nowi mieszkańcy klasztoru podjęli z całą surowo­ścią obserwę zakonną. Ten dynamizm życia wewnętrznego stał się zaczynem i fundamentem wskrzeszonej później pro­wincji Ducha Świętego.

Pozostali ojcowie polscy: o. Cyryl od św. Wojciecha (Wła­dysław Gawroński), o. Romeusz od św. Alojzego (Karol Brożek) i o. Marcin od św. Jana Ewnagelisty (Antoni Stilger), nie przyjęlli reformy czerneńskiej. W dniu 23 paździer­nika 1880 r. opuścili klasztor i zakon, udając się na wyznaczo­ne przez biskupa parafie: o. Romeusz do Tyńca, o. Cyryl do Liszek, o. Marcin do Raciborowic. O. Józef od św. Gabriela (Jan Kanty Tyrka), główny promotor reformy, przyłączył się do obserwantów. Przez dwa lata wiernie brał udział w aktach życia wspólnego. Jednak stan zdrowia nie pozwolił mu stanąć na równi z zelantami. Nie chcąc pójść na żaden kompromis, przełożeni poradzili mu przejść do kleru diecezjalnego. W 1884 roku, po otrzymaniu dekretu sekularyzacji, udał się na parafię do Oświęcimia, gdzie pełnił urząd katechety. Do końca życia (1911) żywił wielką sympatię i miłość do zakonu.

Po zaprowadzeniu autentycznego ducha Karmelu w daw­nym eremie czerneńskim, stopniowo przeprowadzano restau­rację podupadłego klasztoru oraz zabudowań gospodarczych. Wzorowa administracja szybko przyniosła znaczne dochody z gospodarstwa. W 1892 r., staraniem o. Rafała od Św. Józefa (Józef Kalinowski), powstała nowa fundacja w Wadowicach. W pierwszej połowie XX w, przeprowadzono w klasztorze szereg modernizacji. W 1923 r. wzniesiono piętro w skrzydle południowym. W 1934 r. wybudowano nad rzeczką Eliaszówką własną elektrownię, która zasilała klasztor aż do 1943 r., kiedy to podłączono klasztor do sieci państwowej w Sierszy. W latach 1940-1943 zaprowadzono w klasztorze wodociągi. W latch 1948-1950 nadbudowano piętro w skrzydle północ­nym i wschodnim oraz przeprowadzono instalację centralne­go ogrzewania za fundusz uzyskany ze sprzedaży folwarku w Żbiku i Siedlcu.