Aby umożliwić swoim członkom prowadzenie życia ściśle kontemplacyjnego i kontynuować pustelniczą tradycję zakonu, prężnie rozwijający się na ziemiach polskich (od 1605 r.) karmelici bosi postanowili założyć klasztor pustelniczy.

W 1620 r. definitorium generalne w Rzymie upoważniło o. Jana Marię od św. Józefa (Joannes Centurioni), prowincjała karmelitów bosych w Polsce, do założenia pustelniczego klasztoru dla prowincji Ducha Św. Pięć lat czekano na fundatora i poszukiwano odpowiedniego miejsca. W 1625 r. zachęcona przez jednego zakonników fundacji eremu podjęła się Agnieszka z Tęczyńskich Firlejowa, wojewodzina krakowska. W tym celu poleciła szukać odpowiedniego miejsca pod budowę eremu. Karmelici znaleźli je w lesie siedleckim nad doliną Dubia, w dobrach Melchiora Gierstmana. Nieruchomość tę, oraz wsie Paczółtowice, Siedlec i Żbik i część Dubia z młynem nabyła dla nich Firlejowa.

Wykonano już pierwsze prace budowlane, jednak musiano je przerwać, gdyż w okolicy nie było wody. Wówczas fundatorka zaprowadziła zakonników do otoczonej górami i lasami doliny, oddzielającej wieś Paczółtowice od Czernej. Ojcowie urzeczeni pięknym położeniem zawołali z radością: “Bóg sam wybrał to miejsce”. Wybór tego miejsca przyjęto z entuzjazmem. Za najodpowiedniejszy pod kościół wybrano zachodni stok góry czernieńskiej. Teren ten niemal idealnie jest podobny do miejsca na Górze Karmel, gdzie pierwotnie znajdował się klasztor pierwszych pustelników w miejscu nazwanym Wadi es-Siah.

Po zniwelowaniu i przystosowaniu wzgórza pod budowę, dnia 19 marca 1629 r., uroczyście poświęcono kamień węgielny. Nad budową czuwali bracia z klasztoru ŚŚ. Michała i Józefa w Krakowie, mieszkający na ten czas w nowo wybudowanym dworze w Paczółtowicach. Prace postępowały szybko. Fundatorka zamierzała wznieść kościół z czarnego marmuru. Uzyskała nawet na to pozwolenie od definitorium generalnego w Rzymie (w maju 1629 roku). Dnia 28 września 1633 r., ku wielkiej radości fundatorki, rozpoczęto życie eremickie.