Czerna usytuowana jest w południowej części Wyżyny Krakowsko - Częstochowskiej, w Dolince Eliaszówki i Czernki w Jurajskim Parku Krajobrazowym Dolinek Krakowskich na trasie między Krakowem a Katowicami, tj. ok. 25 kilometrów od Krakowa i 50 kilometrów od Katowic, czyli w województwie małopolskim, w powiecie krakowskim, w gminie i zarazem dekanacie Krzeszowice, na terenie parafii Nowa Góra. Z lotniska Kraków Balice jest ok.19 km, z lotniska Katowice Pyrzyce ok. 81 km.

Jadąc samochodem lub busem ze Śląska, z autostrady płatnej A 4 można najlepiej zjechać na 370 km na drogę nr 79 na Trzebinię (za zjazdem na Chrzanów), a poprzez nią dotrzeć do Krzeszowic (w kierunku Krakowa) lub dalej przy zjeździe na Alwernię, kierując się w lewo przez Rudno na Tenczynek i Krzeszowice.

Jadąc z Krakowa drogą krajową nr 7, czy z jego obwodnicy (wcześniej autostrady A 4), należy skręcić na drogę nr 79 w kierunku Trzebini (z obwodnicy i drogi 94 na Bytom skręcić za wiaduktami przy Liroy Merlin przed Factory Kraków) i przez Zabierzów dotrzeć do Krzeszowic lub wcześniej na A4 na węźle Balice II zjechać zjazdem Rogozianym obok lotniska w Balicach i skręcając na pierwszym rondzie w prawo na drogę 774, przejechać następne rondo na wprost, a dalej za lotniskiem na trzecim rondzie w prawo (kierunek Kraków) i zaraz za wiaduktem skręcić w lewo, dojechać drogą obok skały Stanisława Kmity na Zabierzów i stamtąd w lewo na drogę nr 79 na Trzebinię do Krzeszowic. Istnieje też możliwość dotarcia samochodem osobowym od trzeciego ronda za lotniskiem w lewo ul. Krakowską na Morawicę i skręcenia albo przez Balice do Kochanowa i Krzeszowic, albo trochę dalej skręcenia na Brzoskwinię do Rudawy i Krzeszowic przez wąskie dróżki w Nielepicach.

Jadąc z Wadowic, trzeba jechać drogą krajową nr 28 na Zator, skręcić potem na drogę nr 781 (kierunek Chrzanów i A4) przez Podolsze do Babic, tam skręcić w prawo na drogę nr 780 w kierunku Krakowa do Alwerni, tam następnie (pojazdem do 7 t.) przed Biedronką skręcić w lewo na Krzeszowice przez Grojec i Tenczynek lub pojazdem powyżej 7 t. skręcić za Alwernią ok. 1 km na 120 numerze tabliczki drogi w lewo na drogę oznaczoną dojazdem do A4 tą samą co na Krzeszowice. Alternatywą jest droga z Babic na Chrzanów i Trzebinię.

Jadąc z Olkusza samochodem osobowym, trzeba kierować się na Krzeszowice przez Witeradów i Gorenice, lub z drogi krajowej nr 94 skręcić w Przegini na prawo na drogę lokalną do Krzeszowic przez Czubrowice, Racławice i Paczółtowice, a jadąc z Olkusza busem trzeba z drogi 94 skręcić na 300 km w prawo i jechać drogą nr 791 na Trzebinię (lub do niej dojechać przez centrum Olkusza), a tam dopiero w Trzebini w mieście (nie wcześniej, nie przez Nową Górę czy Miękinię, jak wskazuje GPS) skręcić w lewo na drogę nr 79 w kierunku Krakowa przez Krzeszowice.

Do Krzeszowic można dojechać także pociągiem PKP (z Katowic/Trzebini bądź z Krakowa) lub busem (różnych firm co 15 minut z Krakowa przy dworcu autobusowym koło stacji PKP Kraków Główny od ul. Wita Stwosza pod zewnętrznym wiaduktem, z Chrzanowa lub z Olkusza), a także MPK (nr 278 z Krakowa), a następnie z dworca autobusowego w Krzeszowicach przy ul. Św. Floriana busem przez ok. 5 km w kierunku Czernej lub jeszcze lepiej w kierunku Paczółtowic (także do Racławic przez Paczółtowice) oraz do Olkusza przez Paczółtowice.

W Krzeszowicach na drodze krajowej 79 jest skręt do Centrum lub skręt na Przeginię/Paczółtowice a w mieście istnieją tablice informacyjne z kierunkowskazem drogi do klasztoru w Czernej przez Czatkowice. Prosimy zachować uwagę przy wjeździe na ostatnią pod górę drogę do klasztoru. Przy klasztorze są obszerne parkingi.

Jadąc busem z Krzeszowic, w Czernej należy wysiąść na przystanku Czerna I. Obok przystanku jest mostek nad potokiem Czeremka, a za nim ostra turystyczna ścieżka w górę wiodąca do klasztoru lub cofając się do skrzyżowania jest szersza i lepsza normalna droga asfaltowa oznakowana w kierunku klasztoru (kierunek Paczółtowice) z odbiciem drogi w lewo do góry.

Jadąc busem na Paczółtowice, Racławice i Olkusz przez Paczółtowice (lub odwrotnie z Olkusza do Krzeszowic), można poprosić kierowcę o zatrzymanie się w pobliżu ruin "mostu pustelniczego" (tzw. "diabelskiego") pod klasztorem i stąd drogą asfaltową dojść można parę minut do klasztoru. Autobusy z Krzeszowic do Czernej w sobotę są o godz. 5.55, 7.40, 10.05, 13.20 i 16.00.

Istnieje też możliwość zamówienia taxi w Krzeszowicach postój: tel.12 282 06 00.

Inne:

Taxi Norbert Wyrębak Krzeszowice 793 207 702, Taxi przewóz osób St. Osika 12 2835182, Taxi Euro-trans 12 282 45 75, Taxi 7 Trzebinia 604 519 575
Taxi Balice 12 2855061, Taxi Arek Olkusz 504517625, Taxi Ekspres Olkusz 32 645 25 25, Taxi 10 Chrzanów 692497864
Radiotaxi Kraków12 191 91, Taxi Barbakan Kraków 609 400 400, Taxi MPT Kraków 12 196 63
Radio – taxi Dwójki Kraków 196 22 oraz 12 422 22 22, 601 88 96 22 infolinia 800 222 222

Do klasztoru w Czernej prowadzi też Jurajski Rowerowy Szlak Orlich Gniazd.